2022 / 04

Следующая статья
DOI: 10.47183/mes.2022.038

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Выделение и характеристика бактериофагов Klebsiella pneumoniae, кодирующих полисахарид-деполимеразы с уникальной капсульной специфичностью

Р. Б. Городничев1, М. А. Корниенко1, Д. А. Беспятых1, М. В. Малахова1, В. А. Веселовский1, О. В. Голощапов2, А. Б. Чухловин2,3, Ю. А. Беспятых1, Е. А. Шитиков1
Информация об авторах

1 Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия

2 Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова, Санкт-Петербург, Россия

3 Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства, Санкт-Петербург, Россия

Для корреспонденции: Роман Борисович Городничев
ул. Малая Пироговская, д. 1а, г. Москва, 119435, Россия; moc.liamg@b.r.vehcindorog

Информация о статье

Финансирование: исследование выполнено за счет средств, предоставленных для выполнения государственного задания «Разработка комплексной схемы терапии лекарственно-устойчивых возбудителей инфекционных заболеваний с применением бактериофагов или их производных в сочетании с антибактериальными препаратами» (шифр: Бактериофаг-2). Типирование штаммов Klebsiella pneumoniae выполнено за счет гранта Российского научного фонда №22-15-00149, https://rscf.ru/project/22-15-00149/.

Вклад авторов: Р. Б. Городничев, М. А. Корниенко — план исследований, набор и обработка данных, написание статьи; Д. А. Беспятых — обработка данных; М. В. Малахова — набор данных; В. А. Веселовский, О. В. Голощапов, А. Б. Чухловин, Ю. А. Беспятых — набор и обработка данных, Е. А. Шитиков — план исследований, обработка данных, написание статьи.

Соблюдение этических стандартов: экспериментальная работа выполнена с соблюдением норм Санитарно-эпидемиологических правил «Безопасность работы с микроорганизмами III–IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней» СП 1.3.2322-08; Санитарно-эпидемиологических правил СП 1.3.2518-09 — «Дополнения и изменения № 1 к санитарно-эпидемиологическим правилам «Безопасность работы с микроорганизмами III–IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней» СП 1.3.2322-08; Санитарно-эпидемиологических правил «Санитарноэпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами» СанПиН 2.1.7.2790-10, СанПиН 3.3686-21, СанПиН 2.1.3684-21 а также Федеральных клинических рекомендаций «Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике».

Статья получена: 05.11.2022 Статья принята к печати: 01.12.2022 Опубликовано online: 03.12.2022
|
  1. Paczosa MK, Mecsas J. Klebsiella pneumoniae: Going on the Offense with a Strong Defense. Microbiol Mol Biol Rev. 2016; 80 (3): 629–61.
  2. Touati A, Mairi A, Baloul Y, Lalaoui R, Bakour S, Thighilt L et al. First detection of Klebsiella pneumoniae producing OXA-48 in fresh vegetables from Béjaïa city, Algeria J Glob Antimicrob. Resist. 2017; 9: 17–18.
  3. Podschun R, Ullmann U. Klebsiella spp. as nosocomial pathogens: Epidemiology, taxonomy, typing methods, and pathogenicity factors. Clin Microbiol Rev. 1998; 11(4): 589–603.
  4. Сухорукова, М. В., Эйдельштейн, М. В., Иванчик, Н. В., Склеенова, Е. Ю., Шайдуллина, Э. Р., Азизов, И. С., и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015–2016». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21(2): 147–59.
  5. Кузьменков, А. Ю., Виноградова, А. Г., Трушин, И. В., Эйдельштейн, М. В., Авраменко, А. А., Дехнич А.В. и др. AMRmap — система мониторинга антибиотикорезистентности в России. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021; 23(2): 198–204.
  6. Murray CJ, Ikuta KS, Sharara F, Swetschinski L, Aguilar GR, Gray A, et al. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. Lancet. 2022; 399(10325): 629–55.
  7. Górski A, Międzybrodzki R, Węgrzyn G, Jończyk‐Matysiak E, Borysowski J, Weber‐Dąbrowska B. Phage therapy: Current status and perspectives. Med Res Rev. 2020; 40(1): 459–463.
  8. Clokie MR, Millard AD, Letarov AV, Heaphy S. Phages in nature. Bacteriophage. 2011; 1 (1): 31.
  9. D’Herelle MF. On an invisible microbe antagonistic to dysentery bacilli. Comptes Rendus Acad des Sci Paris. 1917; 165: 373–5.
  10. Khatami A, Lin RC, Petrovic‐Fabijan A, Alkalay‐Oren S, Almuzam S, Britton PN et al. Bacterial lysis, autophagy and innate immune responses during adjunctive phage therapy in a child. EMBO Mol Med. 2021; 13 (9): e13936.
  11. Leitner L, Ujmajuridze A, Chanishvili N, Goderdzishvili M, Chkonia I, Rigvava S et al. Intravesical bacteriophages for treating urinary tract infections in patients undergoing transurethral resection of the prostate: a randomised, placebo-controlled, double-blind clinical trial. Lancet Infect Dis. 2021; 21 (3): 427–36.
  12. Petrovic Fabijan A, Lin RC, Ho J, Maddocks S, Ben Zakour NL, Iredell JR. Safety of bacteriophage therapy in severe Staphylococcus aureus infection. Nat Microbiol. 2020; 5 (3): 465–72.
  13. Verbeken G, Pirnay JP. European regulatory aspects of phage therapy: magistral phage preparations. Curr Opin Virol. 2022; 52 (November): 24–29.
  14. Pires DP, Oliveira H, Melo LD, Sillankorva S, Azeredo J. Bacteriophage-encoded depolymerases: their diversity and biotechnological applications. Appl. Microbiol Biotechnol. 2016; 100 (5): 2141–51.
  15. Danis-Wlodarczyk KM, Wozniak DJ, Abedon ST. Treating bacterial infections with bacteriophage-based enzybiotics: In vitro, in vivo and clinical application. Antibiotics. 2021; 10 (12): 1–36.
  16. Kornienko M, Ilina E, Lubasovskaya L, Priputnevich T, Falova O, Sukhikh G et al. Analysis of nosocomial Staphylococcus haemolyticus by MLST and MALDI-TOF mass spectrometry. Infect. Genet Evol. 2016; 39: 99–105.
  17. Brisse S, Passet V, Haugaard AB, Babosan A, Kassis-Chikhani N, Struve C et al. Wzi gene sequencing, a rapid method for determination of capsulartype for klebsiella strains. J Clin Microbiol. 2013; 51 (12): 4073–8.
  18. Mazzocco A, Waddell TE, Lingohr E, Johnson RP. Enumeration of Bacteriophages by the Direct Plating Plaque Assay. Methods Mol. Biol. Humana Press. 2009; 501: 77–80.
  19. Green MR, Sambrook J. Molecular Cloning: a Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012; 1890 p.
  20. Liu B, Zheng D, Jin Q, Chen L, Yang J. VFDB 2019: A comparative pathogenomic platform with an interactive web interface. Nucleic Acids Res. 2019; 47 (D1): D687–D692.
  21. Liu B, Pop M. ARDB — Antibiotic resistance genes database. Nucleic Acids Res. 2009; 37 (SUPPL. 1): 443–7.
  22. Nishimura Y, Yoshida T, Kuronishi M, Uehara H, Ogata H, Goto S. ViPTree: the viral proteomic tree server. Bioinformatics. 2017; 33 (15): 2379–80.
  23. Gorodnichev RB, Volozhantsev NV, Krasilnikova VM, Bodoev IN, Kornienko MA, Kuptsov NS et al. Novel Klebsiella pneumoniae K23-Specific Bacteriophages From Different Families: Similarity of Depolymerases and Their Therapeutic Potential. Front Microbiol. 2021; 12: 669618.
  24. Городничев Р. Б., Корниенко М. А., Купцов Н. С., Малахова М. В., Беспятых Д. А., Веселовский В. А. и др. Молекулярногенетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, перспективных для применения в фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021; 23 (3): 90–97.
  25. Chen X, Tang Q, Li X, Zheng X, Li P, Li M et al. Isolation, characterization, and genome analysis of bacteriophage P929 that could specifically lyase the KL19 capsular type of Klebsiella pneumoniae. Virus Res. 2022; 314: 198750.
  26. Turner D, Kropinski AM, Adriaenssens EM. A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy. Viruses. 2021; 13 (3): 506.
  27. Squeglia F, Maciejewska B, Łątka A, Ruggiero A, Briers Y, DrulisKawa Z et al. Structural and Functional Studies of a Klebsiella Phage Capsule Depolymerase Tailspike: Mechanistic Insights into Capsular Degradation. Structure. 2020; 28 (6): 613–24.e4.
  28. Zhao J, Liu C, Liu Y, Zhang Y, Xiong Z, Fan Y et al. Genomic characteristics of clinically important ST11 Klebsiella pneumoniae strains worldwide. J Glob Antimicrob Resist. 2020; 22: 519–6.
  29. Petrovic Fabijan A, Khalid A, Maddocks S, Ho J, Gilbey T, Sandaradura I et al. Phage therapy for severe bacterial infections: a narrative review. Med J Aust. 2020; 212 (6): 279–85.
  30. Асланов, Б. И., Зуева, Л. П., Кафтырева, Л. А., Бойцов, А. Г., Акимкин, В. Г., Долгий, А. А. и др. Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике. Изд-во «Ремедиум Приволжье», 2014; 54 c.