Для исследования гетерогенности колоректального рака ученые из Женевского университета (UNIGE) использовали новую методику spiked-scRNAseq, которая связывает транскриптомные данные с метастатическими фенотипами отдельных опухолевых клеток c нормированием данных относительно транскриптомных сигнатур так называемых spiked-клеток, что обеспечивает нужную коррекцию.

Первичные образцы колоректального рака были использованы для характеристики функций отдельных субпопуляций клеток. С помощью методики spiked-scRNAseq были обнаружены субпопуляции с дифференциальным метастатическим потенциалом, в которых прометастатические состояния коррелируют с экспрессией генов белков-участников различных сигнальных каскадов и везикулярного транспорта. Мембранный белок VSIG1 был определен как критический регулятор, влияющий на прометастатический потенциал субпопуляций опухолевых клеток. Действие VSIG1 ограничивает развитие про-метастатического фенотипа, частично за счет ингибирования сигнального пути YAP/TAZ-TEAD. Восстановление экспрессии VSIG1 способно уменьшить метастатический потенциал нескольких модельных культур клеток колоректального рака, и регуляция VSIG1 или его эффекторов представляет собой новую терапевтическую возможность.

Методика spiked-scRNAseq, связывающая мультиомиксные параметры отдельных клеток, может быть использована для исследования множества биологических систем, включая структуры субпопуляций опухолевых клеток, и эта стратегия не требует априорного знания молекулярных механизмов для моделирования межклеточных взаимодействий.