Анализ последовательности E белка вируса SARS-CoV-2 показал наличие PDZ-связывающего домена (PDM) на C-концевом участке. Домен состоит из последовательности четырех аминокислот DLLV. Такая же последовательность была ранее выявлена в E белке вируса SARS-CoV. Белок PALS1, содержащий PDZ-домен, взаимодействует С-концом с белком Crumbs, а Nконцом с белком PATJ, формируя таким образом комплекс апикального тесного межклеточного контакта. Ученые из Брукхейвенского университета (США), создав рекомбинантный стабилизированный белок PALS1, содержащий PDZ-домен, и С-концевой пептид Е белка, методом криоэлектронной микроскопии показали взаимодействие PALS1-E.

Структурный анализ выявил, что PALS1-E взаимодействие слабее взаимодействия между белками Crumbs и PALS1, однако его достаточно для того, чтобы эффективно конкурировать за связывание PALS1, инициируя его релокализацию к сайту производства вирусных частиц для перестройки мембраны. Данное взаимодействие доказывает существовавшую ранее гипотезу о важной роли Е белка в вирулентности SARS-CoV-2: 1) нарушение клеточных контактов между пневмоцитами увеличивает проницаемость эпителия для моноцитов и нейтрофилов; 2) Е белок привлекает PALS1 в мембранную структуру между эндоплазматическим ретикулумом и аппаратом Гольджи, инициируя его перестройку, необходимую для синтеза вирусных частиц.

Таким образом, впервые была доказана гипотеза о роли Е белка SARS-CoV-2 в патогенезе коронавирусной инфекции, выдвинутая еще в период пандемии, вызванной SARS-CoV. Данный белок также может рассматриваться как терапевтическая мишень для лечения COVID-19.