Эффективность мефлохина в экспериментах in vivo и клинических исследованиях у пациентов с COVID-19 не установлена. Целью исследования было оценить влияние мефлохина на накопление SARS-CoV-2 в легких инфицированных животных и изучить эффективность и безопасность мефлохина в сравнении с гидроксихлорохином при лечении пациентов с COVID-19. В ходе эксперимента 96 сирийских хомяков инфицировали SARS-CoV-2. Оценивали накопление вируса в легких в группах животных, которым вводили мефлохин, препарат сравнения рибавирин и контроля. В ходе клинического исследования безопасность и эффективность мефлохина и гидроксихлорохина в лечении пациентов с COVID-19 с легким и средне-тяжелым течением заболевания (172 участника) оценивали по динамике симптомов и результатам компьютерной томографии. В результате эксперимента накопление SARS-CoV-2 в легких сирийских хомяков через 6 суток после заражения и лечения мефлохином составило 2,2 ± 0,18 lg БОЕ/г, что было ниже (р < 0,05), чем в группе контроля (3,5 ± 0,21 lg БОЕ/г) и в группе рибавирина (5,2 ± 0,05 lg БОЕ/г). В результате клинического исследования 50,0% пациентов в группе мефлохина и 32,4% в группе гидроксихлорохина (р < 0,05) достигли легкой степени тяжести заболевания, у 76,5% и 44,6% соответственно зарегистрировали полное разрешение дыхательной недостаточности (р < 0,001). Нежелательные явления наблюдались у 86,7 и у 77% пациентов в группах мефлохина и гидроксихлорохина соответственно (р > 0,05). Таким образом, мефлохин в эксперименте способствовал более быстрому снижению титра вируса в легких, а в ходе клинических исследований эффективность мефлохина была не хуже, а по некоторым показателям лучше, чем у гидроксихлорохина, при сравнимой безопасности.