Медаль «За трудовую доблесть» (1956)

Значок «Отличнику здравоохранения» (СССР) (1966)

Премия имени И. И. Мечникова АН СССР — за монографию «Иммунология и иммуногенетика» (1978)

Диплом имени Н. Ф. Гамалеи АМН СССР — за монографию «Иммунология и иммуногенетика» (1978)

Золотая медаль Итальянского общества трансплантологов (1978)

Премия имени А. А. Богомольца АМН СССР (1979)

Почётная Грамота Президиума Верховного Совета РСФСР — за многолетнюю плодотворную научно-исследовательскую деятельность и подготовку научных кадров (1980)

Свидетельство и диплом Госкомитета СССР по делам изобретений и открытий на открытие № 192 «Явление взаимодействия лимфоцитов с кроветворными стволовыми клетками» (1980)

Орден Октябрьской Революции (1981)

Государственная премия Узбекской ССР имени Абу Райхона Беруни (1983)

Золотая медаль имени И. И. Мечникова АН СССР — за цикл работ «Контроль и регуляция иммунного ответа» (1987)

Международная премия в области исследований СПИДа Всемирной федерации по вопросам репродукции и здравоохранения и Всемирной академии наук по вопросам репродукции и здравоохранения — за работу «Синтетические пептиды и вирус приобретенного иммунодефицита человека» (1989)

Степень honoris causa доктора Бар-Иланского университета (Израиль) (1990)

Герой Социалистического Труда (Указ Президиума Верховного Совета СССР от 8 мая 1991, орден Ленина и медаль «Серп и Молот») — за выдающийся вклад в развитие отечественной биологической науки и внедрение результатов фундаментальных исследований в народное здравоохранение

Степень honoris causa доктора Московской государственной академии ветеринарной медицины и биотехнологии им. К. И. Скрябина (1994)

Степень honoris causa доктора Мадридского политехнического университета (1995)

Диплом Совета директоров Американского биографического института — за научный и общественный вклад в достижения XX века (1996)

Премия Правительства Российской Федерации в области науки и техники — за разработку, внедрение в промышленное производство и клиническую практику нового типа иммунокорригирующих лекарственных препаратов пептидной природы: Т-активина и миелопида (1997)

Памятная медаль «Автор научного открытия» Российской академии естественных наук (1997)

Премия имени М. П. Чумакова Российской медико-технической академии — за цикл работ по иммунобиотехнологии (1997)

Медаль «В память 850-летия Москвы» (1997)

Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (4 июня 1999) — за большой вклад в развитие отечественной науки, подготовку высококвалифицированных кадров и в связи с 275-летием Российской академии наук[2]

Демидовская премия (2000)

Степень honoris causa доктора Российского государственного медицинского университета (2000)

Государственная премия Российской Федерации в области науки и технологий — за работу «Конъюгированные полимер-субъединичные иммуногены и вакцины» (2001)

Золотая медаль Международного общества трансплантологов

Государственная премия Российской Федерации 2011 года в области науки и технологий (2012) (совместно с Р. М. Хаитовым)