2021 / 03

Следующая статья
DOI: 10.47183/mes.2021.027

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Выделение и характеристика бактериофагов Pseudomonas aeruginosa — потенциальных агентов для фаговой терапии

М. А. Корниенко, Н. С. Купцов, Д. И. Данилов, Р. Б. Городничев, М. В. Малахова, Д. А. Беспятых, В. А. Веселовский, Е. А. Шитиков, Е. Н. Ильина
Информация об авторах

Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия

Для корреспонденции: Мария Андреевна Корниенко
ул. Малая Пироговская, д. 1а, г. Москва, 119435; moc.liamg@ayiramokneinrok

Информация о статье

Финансирование: исследование выполнено за счет средств, предоставленных для выполнения государственного задания «Разработка персонализированного подхода терапии инфекционных процессов с применением вирулентных бактериофагов» (ШИФР: Бактериофаг).

Благодарности: авторы благодарят Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России за секвенирование геномов бактериофагов.

Вклад авторов: М. А. Корниенко — план исследований, набор и обработка данных, написание статьи; Н. С. Купцов — набор и обработка данных, написание статьи; Д. И. Данилов, Р. Б. Городничев, М. В. Малахова, В. А. Веселовский — набор данных; Д. А. Беспятых — обработка данных, Е. А. Шитиков — план исследований, обработка данных, написание статьи; Е. Н. Ильина — план исследований, написание статьи.

Соблюдение этических стандартов: экспериментальная работа выполнена с соблюдением норм Санитарно-эпидемиологических правил «Безопасность работы с микроорганизмами III–IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней» СП 1.3.2322-08; Санитарно-эпидемиологических правил СП 1.3.2518-09 — «Дополнения и изменения № 1 к санитарно-эпидемиологическим правилам «Безопасность работы с микроорганизмами III–IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней» СП 1.3.2322-08; Санитарноэпидемиологических правил «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами» СанПиН 2.1.7.2790-10, а также Федеральных клинических рекомендаций «Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике».

Статья получена: 19.07.2021 Статья принята к печати: 05.08.2021 Опубликовано online: 18.09.2021
|
  1. Tacconelli E, Carrara E, Savoldi A, Harbarth S, Mendelson M, Monnetet DL, et al. Discovery, research, and development of new antibiotics: the WHO priority list of antibiotic-resistant bacteria and tuberculosis. Lancet Infect Dis. 2018; 18 (3): 318–27.
  2. Horcajada JP, Montero M, Oliver A, Sorlí L, Luque S, GómezZorrilla S, et al. Epidemiology and treatment of multidrug-resistant and extensively drug-resistant Pseudomonas aeruginosa infections. Clin Microbiol Rev. 2019; 32 (4).
  3. Kuzmenkov AY, Trushin IV, Vinogradova AG, Avramenko AA, Sukhorukova MV, Malhotra-Kumar S, et al. AMRmap: an interactive web platform for analysis of antimicrobial resistance surveillance data in Russia. Front Microbiol. 2021; 12: 620002.
  4. Pena C, Cabot G, Gómez-Zorrilla S, Zamorano L, OcampoSosa A, Murillas J, et al. Influence of virulence genotype and resistance profile in the mortality of Pseudomonas aeruginosa bloodstream infections. Clin Infect Dis. 2015; 60 (4): 539–48.
  5. 2020 Antibacterial agents in clinical and preclinical development: an overview and analysis. Geneva: World Health Organization, 2021. Available from: https://www.who.int/publications/i/ item/9789240021303.
  6. Gordillo Altamirano FL, Barr JJ. Phage therapy in the postantibiotic era. Clinical Microbiology Reviews. 2019; 32 (2): e00066-18. DOI: 10.1128/CMR.00066-18.
  7. Акимкин В. Г., Дарбеева О. С., Колков В.Ф. Бактериофаги: исторические и современные аспекты их применения: опыт и перспективы. Клиническая практика. 2010; 1 (4): 48–54.
  8. Chen F, Cheng X, Li J, Yuan X, Huang X, Lian M, et al. Novel lytic phages protect cells and mice against Pseudomonas aeruginosa infection. J Virol. 2021; 95 (8): e01832-20. DOI: 10.1128/ JVI.01832-20.
  9. Jault P, Cheng X, Li J, Yuan X, Huang X, Lian M, et al. Efficacy and tolerability of a cocktail of bacteriophages to treat burn wounds infected by Pseudomonas aeruginosa (PhagoBurn): a randomised, controlled, double-blind phase 1/2 trial. Lancet Infect Dis. 2019; 19 (1): 35–45.
  10. Oechslin F. Resistance development to bacteriophages occurring during bacteriophage therapy. Viruses. 2018; 10 (7): 351. DOI: 10.3390/v10070351.
  11. Купцов Н. С. и др. Эффективность препаратов бактериофагов против патогенов группы ESKAPE. Вестник РГМУ. 2020; (3): 19–26.
  12. Mazzocco A, et al. Enumeration of bacteriophages using the small drop plaque assay system. Methods Mol Biol. 2009; 501: 81–85.
  13. Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Pr. 1989, 2200 p.
  14. Seemann T. Prokka: Rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics. Oxford University Press. 2014; 30 (14): 2068–9.
  15. Aziz RK, et al. The RAST Server: Rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics. BioMed Central. 2008; 9: 75.
  16. Laslett D. ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences. Nucleic Acids Res. 2004; 32 (1): 11–16.
  17. Lefkowitz EJ, et al. Virus taxonomy: The database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Nucleic Acids Res. 2018: 46 (1): 708–17.
  18. Meier-Kolthoff JP, Göker M. VICTOR: genome-based phylogeny and classification of prokaryotic viruses. Bioinformatics. 2017; 33 (21): 3396–404.
  19. Lefort V, Desper R, Gascuel O. FastME 2.0: A comprehensive, accurate, and fast distance-based phylogeny inference program. Mol Biol. 2015; 32 (10): 2798–800.
  20. FigTree. Available from: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/. (Дата обращения: 16.07.2021).
  21. Enright MC, et al. Multilocus sequence typing for characterization of methicillin-resistant and methicillin-susceptible clones of Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol. 2000; 38 (3): 1008–15.
  22. Alvi IA, et al. RLP, a bacteriophage of the family Podoviridae, rescues mice from bacteremia caused by multi-drug-resistant Pseudomonas aeruginosa. Arch Virol. 2020. 165 (6): 1289–97.
  23. Farlow J, et al. Complete Genome Sequences of 10 Phages Lytic against Multidrug-Resistant Pseudomonas aeruginosa. Microbiol Resour. 2020. 9: 29.
  24. Alvi IA, Asif M, Rehman S. A single dose of a virulent bacteriophage vB PaeP-SaPL, rescues bacteremic mice infected with multi drug resistant Pseudomonas aeruginosa. Virus Res. 2021; 292: 198250.
  25. Adnan M, et al. Isolation and characterization of bacteriophage to control multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa planktonic cells and biofilm. Biologicals. 2020; 63: 89–96.
  26. Treepong P, et al. Global emergence of the widespread Pseudomonas aeruginosa ST235 clone. Clin Microbiol Infect. 2018; 24 (3): 258–66.
  27. Principi N, Silvestri E, Esposito S. Advantages and Limitations of Bacteriophages for the Treatment of Bacterial Infections. Front Pharmacol. 2019; 10: 513.
  28. Guo Y, Chen P, Lin Z, Wang T. Characterization of Two Pseudomonas aeruginosa Viruses vB_PaeM_SCUT-S1 and vB_PaeM_SCUT-S2. Viruses. 2019; 11 (4): 318. DOI: 10.3390/ v11040318.
  29. Alemayehu D, Casey PG, McAuliffe O, Guinane CM, Martin JG, Shanahan F, et al. Bacteriophages φMR299-2 and φNH-4 can eliminate Pseudomonas aeruginosa in the murine lung and on cystic fibrosis lung airway cells. MBio. 2012; 3 (2): e00029-12. DOI: 10.1128/mBio.00029-12.
  30. Debarbieux L, Leduc D, Maura D, Morello E, Criscuolo A, Grossi O, et al. Bacteriophages can treat and prevent Pseudomonas aeruginosa lung infections. J Infect Dis. 2010; 201 (7): 1096–104.