МЕТОД

Разработка ПЦР-теста для выявления генетических вариантов альфа, бета, гамма, дельта вируса SARS-CoV-2

Информация об авторах

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства, г. Москва, Россия

Для корреспонденции: Анна Константиновна Шуряева
ул. Погодинская, д. 10, стр. 1, 119121, г. Москва; ur.zmpsc@aveayruhsa

Информация о статье

Вклад авторов: Г. А. Шипулин, Ю. А. Савочкина, Е. Е. Давыдова, С. М. Юдин — планирование эксперимента; Г. А. Шипулин, Ю. А. Савочкина, С. М. Юдин — анализ литературы; А. К. Шуряева, Е. Е. Шивлягина, А. О. Носова, А. Р. Лупарев, Т. В. Малова — постановка эксперимента и интерпретация результатов; Ю. А. Савочкина, Е. Е. Шивлягина, А. О. Носова — разработка набора реагентов; А. Р. Лупарев — статистический анализ; Г. А. Шипулин, А. К. Шуряева — написание и редактирование рукописи; Е. Е. Давыдова, С. М. Юдин — редактирование рукописи.

Соблюдение этических стандартов: исследование проведено в соответствии с требованиями Хельсинской декларации и ГОСТ Р ИСО 14155-2014.

Статья получена: 15.12.2021 Статья принята к печати: 13.01.2022 Опубликовано online: 09.02.2022
|

Возникновение новых вариантов коронавируса SARS-CoV-2, обладающих повышенной трансмиссивностью и снижающих эффективность его нейтрализации выработанными ранее антителами, представляет угрозу для здоровья населения во всем мире. Метод полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) с флуоресцентными зондами, позволяющими детектировать единичные нуклеотидные замены, подходит для скрининга содержащих РНК SARS-CoV-2 образцов на наличие уже известных мутаций в S-гене, которые имеют функциональное значение, и выявление которых позволяет определять и дифференцировать геноварианты, имеющие наибольшее эпидемиологическое значение. Целью настоящей работы было разработать набор реагентов и методику для оперативного мониторинга распространения приоритетно значимых вариантов SARS-CoV-2. На основе выравнивания полногеномных последовательностей SARS-CoV-2, опубликованных в базе данных GISAID, были выбраны праймеры и LNA-модифицированные зонды для выявления мутаций в S-гене, характерных для генетических линий альфа, бета/гамма и дельта особой эпидемиологической значимости (VOC). Разработан и зарегистрирован набор реагентов в формате ОТ-ПЦР в реальном времени для выявления наиболее значимых мутаций в S-гене SARS-CoV-2, продемонстрированы его высокие аналитические и диагностические характеристики. Показано соответствие результатов выявления линий VOC и их основных мутаций разработанным набором с данными полногеномного секвенирования для 1500 образцов РНК SARS-CoV-2. Применение набора реагентов в сочетании с последующим секвенированием РНК SARS-CoV-2 в рамках проведения эпидемиологического мониторинга позволило оперативно установить факт появления на территории России геноварианта дельта и в дальнейшем отследить динамику изменения его распространенности в Московском регионе в период с апреля по сентябрь 2021 г.

Ключевые слова: коронавирус, SARS-CoV-2, COVID-19, SARS-COV-2, N501Y, P681H, 69-70del, E484K, изоляты особой эпидемиологической значимости, B.1.1.7, B.1.351, P.1

КОММЕНТАРИИ (0)