Организация обучения в условиях пандемии COVID-19 потребовала разработки и внедрения активного эпидемиологического надзора за острыми респираторными заболеваниями среди обучающихся и профессорско-преподавательского состава (ППС) медицинского университета. Целью работы было выявить особенности эпидемического процесса COVID-19 среди обучающихся и ППС университета в 2020–2022 гг. Проведен анализ заболеваемости COVID-19 среди обучающихся и ППС за 2020–2021 и 2021–2022 учебные годы. Под наблюдением находились 6293 обучающихся в 2020–2021 учебном году и 6148 в 2021–2022 учебном году, ППС — 772 человека. В 2020–2021 учебном году COVID-19 выявлен у 681 обучающегося, кумулятивная инцидентность (КИ) 10,83 (95% ДИ 10,08–11,61) на 100 обучающихся и 79 человек ППС — КИ 10,23 (95% ДИ 8,09–12,37), в 2021–2022 учебном году — у 690 обучающихся, КИ 11,44 (95% ДИ 10,64–12,24) на 100 обучающихся и 75 человек ППС — КИ 9,71 (95% ДИ 7,62%–11,80%). У 26,3% заболевших COVID-19 инфекция была выявлена при обращении в поликлинику Университета. Заболеваемость обучающихся, проживающих в общежитиях, не превышала заболеваемость среди тех, кто проживал на частных адресах (p = 0,36), также не было зарегистрировано вспышек. Найдена сильная положительная связь между заболеваемостью жителей Санкт-Петербурга и заболеваемостью обучающихся (r = 0,77). За весь период вероятное место заражения установлено у 39,9% заболевших, наиболее часто (15,2%) — в медицинской организации по месту работы. Заболеваемость новой коронавирусной инфекцией (COVID-19) среди обучающихся и профессорско-преподавательского состава за 2020–2021 и 2021–2022 учебные годы напрямую обусловлена их вовлечением в эпидемический процесс COVID-19 в Санкт-Петербурге.