2023 / 04

Следующая статья
DOI: 10.47183/mes.2023.043

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Семейный случай наследуемой хромосомной интеграции ВГЧ-6А с проведением филогенетического анализа

О. В. Голева1, Л. Г. Данилов2, А. В. Кусакин1,4, Ю. А. Эйсмонт1, И. В. Бабаченко1, Н. С. Тян1, А. Б. Чухловин5, А. В. Крылов1, О. С. Глотов1,3,4
Информация об авторах

1 Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства, Санкт-Петербург, Россия

2 Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия

3 Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д. О. Отта, Санкт-Петербург, Россия

4 Университет ИТМО, Санкт-Петербург, Россия

5 Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И. П. Павлова, Санкт-Петербург, Россия

Для корреспонденции: Ольга Владимировна Голева
ул. Профессора Попова, д. 9, г. Санкт-Петербург, 197022, Россия; ur.liam@oa.velog

Информация о статье

Вклад авторов: О. В. Голева, И. В. Бабаченко, Н. С. Тян — планирование исследования, сбор, анализ, интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; Л. Г. Данилов — проведение биоинформатического анализа, поиск аналитических материалов; А. В. Кусакин — планирование исследования, анализ литературы, сбор, анализ, интерпретация данных, проведение биоинформатического анализа, построение филогенетического древа, подготовка черновика рукописи; Ю. А. Эйсмонт, А. Б. Чухловин — планирование исследования, сбор, анализ, интерпретация данных; А. В. Крылов — сбор, анализ, интерпретация данных; О. С. Глотов — курирование исследования, анализ, интерпретация данных, подготовка черновика рукописи.

Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом ФГБУ ДНКЦИБ ФМБА России (протокол № 107 от 27 ноября 2018 г.) и выполнено согласно Хельсинской декларации последнего пересмотра. Получено письменное информированное согласие пациентов и их законных представителей на участие в исследовании.

Статья получена: 18.08.2023 Статья принята к печати: 19.09.2023 Опубликовано online: 26.10.2023
|
  1. Salahuddin SZ, Ablashi DV, Markham PD, Josephs SF, Sturzenegger S, Kaplan M, et al. Isolation of a new virus, HBLV, in patients with lymphoproliferative disorders. Science. 1986; 234 (4776): 596–601. DOI: 10.1126/science.2876520.
  2. Eliassen E, Krueger G, Luppi M, Ablashi D. Lymphoproliferative syndromes associated with human herpesvirus-6a and human herpesvirus-6b. Mediterr J Hematol Infect Dis. 2018;10 (1): e2018035. DOI: 10.4084/MJHID.2018.035.
  3. King O, Al Khalili Y. Herpes Virus Type 6. [Updated 2023 Aug 8]. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2023 Jan. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK540998/.
  4. Broccolo F, Fusetti L, Ceccherini-Nelli L. Possible role of human herpesvirus 6 as a trigger of autoimmune disease. Scientific World Journal. 2013; (2013): 867389. DOI: 10.1155/2013/867389.
  5. Adams MJ, Carstens EB. Ratification vote on taxonomic proposals to the International Committee on Taxonomy of Viruses (2012). Arch Virol. 2012; 157 (7): 1411–22. DOI:10.1007/s00705012-1299-6.
  6. International Committee on Taxonomy of Viruses: ICTV [Internet]. 2023 [cited 2023 Sep 13]. Available from: https://ictv.global/vmr.
  7. Eliassen E, Hemond CC, Santoro JD. HHV-6-associated neurological disease in children: epidemiologic, clinical, diagnostic, and treatment considerations. Pediatr Neurol. 2020; (105): 10–20. DOI: 10.1016/j.pediatrneurol.2019.10.004.
  8. Finkel Y, Schmiedel D, Tai-Schmiedel J, Nachshon A, Winkler R, Dobesova M, et al. Comprehensive annotations of human herpesvirus 6A and 6B genomes reveal novel and conserved genomic features. Elife. 2020; (9): e50960. DOI: 10.7554/eLife.50960.
  9. Mori Y. Recent topics related to human herpesvirus 6 cell tropism. Cellular microbiology. 2009; (11): 1001–6. DOI: 10.1111/j.14625822.2009.01312.x.
  10. Tang H, Serada S, Kawabata A, Ota M, Hayashi E, Naka T, et al. CD134 is a cellular receptor specific for human herpesvirus6B entry. Proc Natl Acad Sci USA. 2013; 110 (22): 9096–9. DOI: 10.1073/pnas.1305187110.
  11. Dominguez G, Dambaugh TR, Stamey FR, Dewhurst S, Inoue N, Pellett PE. Human herpesvirus 6B genome sequence: coding content and comparison with human herpesvirus 6A. J Virol. 1999; 73 (10): 8040–52. DOI: 10.1128/JVI.73.10.8040-8052.1999.
  12. Gompels UA, Kasolo FC. HHV-6 Genome: similar and different. In: Kreuger G, Ablashi DV, editors. Human Herpesvirus-6. London: Elsevier; 2006. pp. 23–46.
  13. Isegawa Y, Mukai T, Nakano K, Kagawa M, Chen J, Mori Y, et al. Comparison of the complete DNA sequences of human herpesvirus 6 variants A and B. J Virol. 1999; 73 (10): 8053–63. DOI: 10.1128/JVI.73.10.8053-8063.1999.
  14. Achour A, Malet I, Le Gal F, Dehée A, Gautheret-Dejean A, Bonnafous P, et al. Variability of gB and gH genes of human herpesvirus-6 among clinical specimens. J Med Virol. 2008; 80 (7): 1211–21. DOI: 10.1002/jmv.21205.
  15. HHV-6 Foundation [Internet]. HHV-6A/B Testing [cited 2022 March 16]. Available from: https://hhv-6foundation.org/patients/ hhv-6-testing-for-patients.
  16. Agut H, Bonnafous P, Gautheret-Dejean A. Laboratory and clinical aspects of human herpesvirus 6 infections. Clin Microbiol Rev. 2015; 28 (2): 313–35. DOI: 10.1128/CMR.00122-14.
  17. Higashimoto Y, Ohta A, Nishiyama Y, Ihira M, Sugata K, Asano Y, et al. Development of a human herpesvirus 6 species-specific immunoblotting assay. J Clin Microbiol. 2012; 50 (4): 1245–51. DOI: 10.1128/JCM.05834-11.
  18. Luppi M, Marasca R, Barozzi P, Ferrari S, Ceccherini-Nelli L, Batoni G, et al. Three cases of human herpesvirus-6 latent infection: integration of viral genome in peripheral blood mononuclear cell DNA. J Med Virol. 1993; 40 (1): 44–52. DOI: 10.1002/jmv.1890400110.
  19. Daibata M., Taguchi T, Nemoto Y, et al. Inheritance of chromosomally integrated human herpesvirus 6 DNA. Blood. 1999; (94): 1545–9. DOI: 10.1182/blood.V94.5.1545.
  20. Nacheva EP, Ward KN, Brazma D, et al. Human herpesvirus 6 integrates within telomeric regions as evidenced by five different chromosomal sites. J Med Virol. 2008; (80): 1952–8. DOI: 10.1002/jmv.21299.
  21. Clark DA, Nacheva EP, Leong HN, Brazma D, Li YT, Tsao EH, et al. Transmission of integrated human herpesvirus 6 through stem cell transplantation: implications for laboratory diagnosis. J Infect Dis. 2006; 193 (7): 912–6. DOI: 10.1086/500838.
  22. Hubacek P, Virgili A, Ward KN, Pohlreich D, Keslova P, Goldova B, et al. HHV-6 DNA throughout the tissues of two stem cell transplant patients with chromosomally integrated HHV-6 and fatal CMV pneumonitis. Br J Haematol. 2009; 145 (3): 394–8. DOI: 10.1111/j.1365-2141.2009.07622.x
  23. Ohye T, Kawamura Y, Inagaki H, Yoshikawa A, Ihira M, Yoshikawa T, et al. A simple cytogenetic method to detect chromosomally integrated human herpesvirus-6. J Virol Methods. 2016; (228): 74–8. DOI: 10.1016/j.jviromet.2015.11.001.
  24. Мелехина Е. В., Домонова Э. А., Гоптарь И. А., Шипулина О. Ю., Горелов А. В. Первый в России случай наследственной передачи хромосомно-интегрированного вируса герпеса человека 6В (Human betaherpesvirus 6B). Вопросы практической педиатрии. 2019; 14 (1): 33–40. DOI: 10.20953/1817-7646-2019-1-33-40.
  25. Greninger AL, Naccache SN, Pannaraj P, Jerome KR, Dien Bard J, Ruderman JW. The brief case: inherited chromosomally integrated human herpesvirus 6 (HHV-6) in the age of multiplex HHV-6 testing. J Clin Microbiol. 2019; 57 (10): e02016–18. DOI: 10.1128/JCM.02016-18.
  26. Clark DA. Clinical and laboratory features of human herpesvirus 6 chromosomal integration. Clin Microbiol Infect. 2016; 22 (4): 333–9. DOI: 10.1016/j.cmi.2015.12.022.
  27. Prusty BK, Krohne G, Rudel T. Reactivation of chromosomally integrated human herpesvirus-6 by telomeric circle formation. PLoS Genet. 2013; 9 (12): e1004033. DOI: 10.1371/journal. pgen.1004033.
  28. Endo A, Watanabe K, Ohye T, Suzuki K, Matsubara T, Shimizu N, et al. Molecular and virological evidence of viral activation from chromosomally integrated human herpesvirus 6A in a patient with X-linked severe combined immunodeficiency. Clin Infect Dis. 2014; 59 (4): 545–8. DOI: 10.1093/cid/ciu323.
  29. Miura H, Kawamura Y, Ohye T, Hattori F, Kozawa K, Ihira M, et al. Inherited chromosomally integrated human herpesvirus 6 is a risk factor for spontaneous abortion. J Infect Dis. 2021; 223 (10): 1717–23. DOI:10.1093/infdis/jiaa606.
  30. Gaccioli F, Lager S, de Goffau MC, Sovio U, Dopierala J, Gong S, et al. Fetal inheritance of chromosomally integrated human herpesvirus 6 predisposes the mother to pre-eclampsia. Nat Microbiol. 2020; 5 (7): 901–8. DOI:10.1038/s41564-020-0711-3.
  31. Kumata R, Ito J, Sato K. Inherited chromosomally integrated HHV-6 possibly modulates human gene expression. Virus Genes. 2020; 56 (3): 386–9. DOI:10.1007/s11262-020-01745-5.
  32. Kaufer BB, Flamand L. Chromosomally integrated HHV-6: impact on virus, cell and organismal biology. Curr Opin Virol. 2014; (9): 111–8. DOI: 10.1016/j.coviro.2014.09.010.
  33. Huang Y, Hidalgo-Bravo A, Zhang E, Cotton VE, Mendez-Bermudez A, Wig G, et al. Human telomeres that carry an integrated copy of human herpesvirus 6 are often short and unstable, facilitating release of the viral genome from the chromosome. Nucleic Acids Res. 2014; 42 (1): 315–27. DOI:10.1093/nar/gkt840.
  34. Gravel A, Sinnett D, Flamand L. Frequency of chromosomallyintegrated human herpesvirus 6 in children with acute lymphoblastic leukemia. PLoS One. 2013; 8 (12): e84322. DOI: 10.1371/journal.pone.0084322.
  35. MGI Documents [Internet]. Available from: https://en.mgi-tech. com/download/files/hao_id/1/type_id/1/p/1.
  36. Starostina E, Tamazian G, Dobrynin, P, O’Brien S, Komissarov A. Cookiecutter: a tool for kmer-based read filtering and extraction. BioRxiv. 2015: 024679. DOI: 10.1101/024679.
  37. Домонова Э. А., Сильвейстрова О. Ю., Гоптарь И. А., Кулешов К. В., Пасхина И. Н., Никифорова А. В. и др. Первый случай выявления и лабораторного подтверждения наследственной передачи хромосомно-интегрированного Human betaherpesvirus 6А в Российской Федерации. Инфекционные болезни. 2019; 17 (3): 5–14.
  38. Prjibelski A, Antipov D, Meleshko D, Lapidus A, Korobeynikov A. Using SPAdes de novo assembler. Curr Protoc Bioinformatics. 2020; 70 (1): e102. DOI:10.1002/cpbi.102.
  39. Madden T. The BLAST sequence analysis tool. National Centre for Biotechnology Information. Bethesda, 2003. 15 p.
  40. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFTDASH: integrated protein sequence and structural alignment. Nucleic Acids Res. 2019; 47 (W1): W5–W10. DOI:10.1093/nar/gkz342.
  41. Robinson O, Dylus D, Dessimoz C. Phylo.io: Interactive viewing and comparison of large phylogenetic trees on the web. Mol Biol Evol. 2016; 33 (8): 2163–6. DOI:10.1093/molbev/msw080.
  42. Godet AN, Soignon G, Koubi H, Bonnafous P, Agut H, Poirot C, et al. Presence of HHV-6 genome in spermatozoa in a context of couples with low fertility: what type of infection? Andrologia. 2015; 47 (5): 531–5.
  43. Aswad A, Aimola G, Wight D, et al. Evolutionary history of endogenous human herpesvirus 6 reflects human migration out of Africa. Mol Biol Evol. 2021; (38): 96–107. DOI:10.1093/molbev/msaa190.