2023 / 04

Следующая статья
DOI: 10.47183/mes.2023.060

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Выделение и характеристика вирулентных бактериофагов против Klebsiella pneumoniae значимых капсульных типов

Р. Б. Городничев1, М. А. Корниенко1, Д. А. Беспятых1, М. В. Малахова1, А. О. Кривуля1, В. А. Веселовский1, Ю. А. Беспятых1, О. В. Голощапов2, Т. В. Черненькая3, Е. А. Шитиков1
Информация об авторах

1 Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины имени Ю. М. Лопухина Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия

2 Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени И. П. Павлова, Санкт-Петербург, Россия

3 Научно-исследовательский институт скорой помощи имени Н. В. Склифосовского Департамента здравоохранения города Москвы, Москва, Россия

Для корреспонденции: Роман Борисович Городничев
ул. Малая Пироговская, дом 1а, г. Москва, 119435, Россия; moc.liamg@b.r.vehcindorog

Информация о статье

Финансирование: исследование выполнено за счет средств, предоставленных для выполнения государственного задания «Разработка комплексной схемы терапии лекарственно-устойчивых возбудителей инфекционных заболеваний с применением бактериофагов или их производных в сочетании с антибактериальными препаратами» (шифр: Бактериофаг-2). Типирование штаммов Klebsiella pneumoniae выполнено за счет гранта Российского научного фонда №22-15-00149, https://rscf.ru/project/22-15-00149/.

Благодарности: результаты по полногеномному секвенированию получены с использованием научного оборудования ЦКП «Геномика, протеомика, метаболомика» (http://rcpcm.org/?p=2806).

Вклад авторов: Р. Б. Городничев — план исследований, набор и обработка данных, написание статьи; М. А. Корниенко — план исследований, набор и обработка данных, Д. А. Беспятых — обработка данных; М. В. Малахова, А. О. Кривуля — набор данных; В. А. Веселовский, О. В. Голощапов, Т. В. Черненькая, Ю. А. Беспятых — набор и обработка данных; Е. А. Шитиков — план исследований, обработка данных, написание статьи.

Соблюдение этических стандартов: работа выполнена с соблюдением норм Санитарно-эпидемиологических правил «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней» СанПиН 3.3686-21; Санитарно-эпидемиологических правил «Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому водоснабжению населения, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям, эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий» СанПиН 2.1.3684-21, а также Федеральных клинических рекомендаций «Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике».

Статья получена: 01.11.2023 Статья принята к печати: 14.12.2023 Опубликовано online: 31.12.2023
|
  1. He Y, Li W, Wang Z, Chen H, Tian L, et al. Nosocomial infection among patients with COVID-19: A retrospective data analysis of 918 cases from a single center in Wuhan, China. Infect Control Hosp Epidemiol. 2020; 41 (8): 982–3.
  2. European Centre for Disease Prevention and Control. Antimicrobial resistance in the EU/EEA (EARS-Net). AER for 2021. Surveillance report, 2022; p. 20.
  3. Сухорукова М. В., Эйдельштейн М. В., Иванчик Н. В., Склеенова Е. Ю., Шайдуллина Э. Р., Азизов И. С. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015–2016». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21 (2): 147–59.
  4. Li D, Huang X, Rao H, Yu H, Long S, Li Y, et al. Klebsiella pneumoniae bacteremia mortality: a systematic review and metaanalysis. Front Cell Infect Microbiol. 2023; 13 (April): 1–9.
  5. Murray CJ, Ikuta KS, Sharara F, Swetschinski L, Aguilar GR, Gray A, et al. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. Lancet. 2022; 399 (10325): 629–55.
  6. Górski A, Międzybrodzki R, Węgrzyn G, Jończyk‐Matysiak E, Borysowski J, Weber–Dąbrowska B. Phage therapy: Current status and perspectives. Med Res Rev. 2020; 40 (1): 459–63.
  7. Aslam S, Lampley E, Wooten D, Karris M, Benson C, Strathdee S, et al. Lessons learned from the first 10 consecutive cases of intravenous bacteriophage therapy to treat multidrug-resistant bacterial infections at a single center in the United States. Open Forum Infect Dis. 2020; 7 (9): ofaa389.
  8. Dedrick RM, Smith BE, Cristinziano M, Freeman KG, JacobsSera D, Belessis Y, et al. Phage Therapy of Mycobacterium Infections: Compassionate Use of Phages in 20 Patients With Drug-Resistant Mycobacterial Disease. Clin Infect Dis. 2023; 76 (1): 103–12.
  9. Schooley RT, Biswas B, Gill JJ, Hernandez-Morales A, Lancaster J, Lessor L, et al. Development and use of personalized bacteriophage-based therapeutic cocktails to treat a patient with a disseminated resistant Acinetobacter baumannii infection. Antimicrob. Agents Chemother. 2017; 61 (10): 1–15.
  10. Купцов Н. С., Корниенко М. А., Городничев Р. Б., Данилов Д. И., Парфенова Т. В., Макаренко Г. И. и др. Эффективность препаратов бактериофагов против патогенов группы ESKAPE. Вестник РГМУ. 2020; 3 (2020): 19–26.
  11. Pires DP, Oliveira H, Melo LD, Sillankorva S, Azeredo J. Bacteriophage-encoded depolymerases: their diversity and biotechnological applications. Appl Microbiol Biotechnol. 2016; 100 (5): 2141–51.
  12. Follador R, Heinz E, Wyres KL, Ellington MJ, Kowarik M, Holt KE, et al. The diversity of Klebsiella pneumoniae surface polysaccharides. Microb genomics. 2016; 2 (8): e000073.
  13. Liao CH, Huang YT, Hsueh PR. Multicenter surveillance of capsular serotypes, virulence genes, and antimicrobial susceptibilities of Klebsiella pneumoniae causing bacteremia in Taiwan, 2017– 2019. Front Microbiol. 2022; 13: 783523.
  14. Jin Y, Dong C, Shao C, Wang Y, Liu Y. Molecular epidemiology of clonally related Metallo-β-Lactamase-Producing Klebsiella pneumoniae isolated from newborns in a hospital in Shandong, China. Jundishapur Journal of Microbiology. 2017; 10 (9): 14046.
  15. Rojas LJ, Weinstock GM, De La Cadena E, Diaz L, Rios R, Hanson BM, et al. An analysis of the epidemic of Klebsiella pneumoniae Carbapenemase-Producing K. pneumoniae: convergence of two evolutionary mechanisms creates the “Perfect Storm”. J Infect Dis. 2018: 217 (1): 82–92.
  16. Shaidullina ER, Schwabe M, Rohde T, Shapovalova VV, Dyachkova MS, Matsvay AD, et al. Genomic analysis of the international highrisk clonal lineage Klebsiella pneumoniae sequence type 395. Genome Med. 2023; 15 (1): 17.
  17. Егоров С. А., Семёнов В. М., Дмитраченко Т. И. Анализ изолятов Klebsiella pneumoniae, обладающих широкой резистентностью к антибиотикам. Педиатрия. Восточная Европа. 2022; 10 (3): 325–33.
  18. Ryzhov V, Fenselau C. Characterization of the protein subset desorbed by MALDI from whole bacterial cells. Anal Chem. 2001; 73 (4): 746–50.
  19. Brisse S, Passet V, Haugaard AB, Babosan A, Kassis-Chikhani N, Struve C, et al. Wzi gene sequencing, a rapid method for determination of capsulartype for klebsiella strains. J Clin Microbiol. 2013; 51 (12): 4073–8.
  20. Mazzocco A, Waddell TE, Lingohr E, Johnson RP. Enumeration of bacteriophages by the Direct Plating Plaque Assay. Methods Mol Biol. 2009; 501: 77–80.
  21. Городничев Р. Б., Корниенко М. А., Купцов Н. С., Малахова М. В., Беспятых Д. А., Веселовский В. А. и др. Молекулярногенетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, перспективных для применения в фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021; 23 (3): 90–7.
  22. Green MR, Sambrook J. Molecular cloning. A Laboratory Manual 4th. Cold Spring Harbor Laboratory, 2012; p. 1936.
  23. Liu B, Zheng D, Jin Q, Chen L, Yang J. VFDB. 2019: A comparative pathogenomic platform with an interactive web interface. Nucleic Acids Res. 2019; 47 (D1): D687–D692.
  24. Liu B, Pop M. ARDB — Antibiotic resistance genes database. Nucleic Acids Res. 2009; 37 (SUPPL 1): 443–7.
  25. Meier-Kolthoff JP, Göker M. VICTOR: genome-based phylogeny and classification of prokaryotic viruses. Bioinformatics. 2017; 33 (21): 3396–404.
  26. Darzentas N. Circoletto: visualizing sequence similarity with Circos. Bioinformatics. 2010; 26 (20): 2620–1.
  27. Fursova NK, Astashkin EI, Ershova ON, Aleksandrova IA, Savin IA, Novikova TS, et al. Multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae causing severe infections in the neuro-ICU. Antibiotics. 2021; 10 (8): 1–17.
  28. Beamud B, García-González N, Gómez-Ortega M, GonzálezCandelas F, Domingo-Calap P, Sanjuan R. Genetic determinants of host tropism in Klebsiella phages. Cell Rep. 2023; 42 (2): 112048.
  29. Turner D, Kropinski AM, Adriaenssens EM. A roadmap for genome-based phage taxonomy. Viruses. 2021; 13 (3): 506.